Tommaso si occupa del dogma della Trinità, dell’incarnazione e della creazione. Per quanto riguarda la Trinità la difficoltà è quella di intendere in che modo l’unità della sostanza divina si concili con la trinità delle persone.
Per il filosofo teologo le tre persone sono in relazione originaria tra di loro e queste relazioni non sono accidentali (nulla di accidentale ci può essere in Dio) ma reali, sussistono realmente nell’essenza divina. Per quanto riguarda l’incarnazione il problema è di come ci possa essere nella persona di Cristo sia la natura divina che quella umana. Già la Chiesa nel quinto secolo si era trovata a condannare le due interpretazioni opposte di questo dogma, quella di Eutichio che riduceva ad unità assoluta le due nature, e quella di Nestorio che insisteva sulla dualità delle nature, per cui nella stessa persona ci sono sia la natura divina che quella umana, in modo distinto, con la seconda strumento della prima.
La distinzione tra essenza ed esistenza consente a Tommaso di disporre di una nuova chiave interpretativa. Da un lato Cristo è Dio, ha quindi natura divina, dall’altro, dato che la natura umana è separabile dall’esistenza, egli può assumere anche la natura umana, senza esistere come essere umano. In merito alla creazione, per Tommaso non concludono gli argomenti a favore di un inizio del mondo del tempo, ma neppure quelli che pretendono di dimostrare la sua eternità. Per il filosofo, infatti, la ragione non è in grado di dimostrare né una né l’altra ipotesi.